Un jeune prodige destiné à étudier la théologie à l'université nourrit en secret une véritable passion pour l'astronomie. Un jour, il rencontre un énigmatique savant nommé Hubert.

La théorie de l'héliocentrisme d'Hubert intrigue Rafal. Plus tard, un inquisiteur arrête Hubert, qui remet un pendentif à Rafal avant d'être emmené.

Novak convainc Potocki de dénoncer Rafal pour hérésie. Après son arrestation, Rafal se voit offrir deux options : renoncer à sa croyance en l'héliocentrisme ou subir la torture.

Le duelliste Okszy préfère mourir pour échapper à un monde sans espoir et aller au paradis, tandis que son ami trouve du sens à la vie en observant les étoiles.

Grasz fait capoter sa mission en se mettant, avec Okszy, en grave danger face à Novak. Ils s'enfuient ensemble vers les montagnes, où ils trouvent un coffre en pierre.

Okszy cherche l'aide de Frère Badeni, le moine déchu qui a déclenché la colère de l'Église lorsqu'il s'est tourné vers les énigmes célestes.

À l'institut d'astronomie, l'érudite surdouée Jolenta est discriminée parce qu'elle est la seule fille. Badeni cherche le moyen de prouver la théorie héliocentrique.

Badeni propose à Jolenta de continuer à étudier la science du ciel, mais elle est rongée par la peur. Elle surprend ensuite les propos audacieux du comte Piast.

Un Piast plus âgé jure de prouver la théorie géocentrique de son professeur, tandis qu'au présent, il autorise Badeni à utiliser ses archives, mais à une condition.

Okszy informe Badeni qu'il apprend à lire et à écrire. L'idée de Badeni selon laquelle le savoir devrait se trouver entre les mains de quelques élus contrarie un autre moine.

Novak donne du fil à retordre à deux jeunes inquisiteurs. Badeni retrouve Jolenta pour lui annoncer que sa théorie est désormais complète.

Novak essaie de découvrir les recherches de Badeni. Il ne trouve rien d'incriminant... jusqu'à ce qu'il repère un élément particulier.

Okszy, blessé, se réveille à l'infirmerie de l'Inquisition et voit Novak qui l'a gardé en vie dans le but de lui soutirer des informations.

Badeni doit choisir entre révéler la localisation des documents sur la théorie héliocentrique ou prolonger la torture d'Okszy aux mains de Nowak.

Novak est persuadé que sa fille bien-aimée a été exécutée pour hérésie. Frère Klabovski tombe sur une lettre étrange signée Badeni.

Vingt-cinq ans plus tard, le capitaine Schmitt de l'extrémiste Front de libération des hérétiques infiltre une église et dérobe un objet important.

Une jeune nomade marquée par la pauvreté consacre sa vie à amasser des richesses. Un soir, elle trouve le livre que Fry avait caché dans le village abandonné.

Monseigneur Antoni ordonne à Douraka de lui remettre le livre, mais les hommes de Schmitt s'interposent. Déterminée à changer son destin, la jeune femme fait un choix audacieux.

Espérant retrouver la trace de ceux qui ont volé le livre, un inquisiteur demande conseil à Novak, qui passe désormais des journées entières consumé par le chagrin.

Alors que le Front de libération des hérétiques se prépare à partir, Jolenta confie une lettre à Douraka. Peu après, Novak et les inquisiteurs s'approchent de la grange.

Schmitt et les autres rejoignent leurs camarades du Front de libération et commencent à imprimer le livre. Mais une trahison vient contrarier l'opération.

Alors que le groupe de Novak attaque le Front de libération, Douraka et Schmitt s'évadent. Lorsqu'ils atteignent la ville, Douraka fait une proposition à monseigneur Antoni.

En plein délire fanatique, Novak se retourne contre Antoni et tente d'incendier l'église. Douraka se défend et s'échappe, au prix d'une terrible blessure.

Albert livre une commande de pain à une église où il rencontre un mystérieux prêtre qui l'encourage à confesser ses péchés.