Nous sommes en 1878. Dans la ville basse de Tokyo, Kaoru confronte un vagabond qu’elle prend pour Battosai le tueur. Hélas, il y a méprise. Pourtant, un assassin sévit en ville depuis quelque temps.

Kenshin loge dorénavant au dojo de Kaoru. En ville, ils rencontrent un petit voleur au caractère bien trempé. De plus, Kenshin continue d’attirer l’attention en portant son sabre sur lui.

Yahiko est bien décidé à ne plus être un voleur de bas étage, quitte à se mettre à dos le clan dont il dépendait. Mais pour devenir plus fort, le jeune garçon aura besoin d’un coup de pouce.

Kaoru a trouvé un bien qui leur permettra de vivre paisiblement un temps au dojo. Sortis célébrer la nouvelle, Kenshin, Kaoru et Yahiko feront la rencontre de Sanosuke lors d’un esclandre avec des individus enivrés.

Le duel entre Kenshin et Sanosuke fait rage. La technique de Kenshin fait mouche, mais son adversaire ne compte pas se laisser abattre aussi facilement, surtout avec la haine qu’il voue aux patriotes pro-impériaux.

Le commissaire de police rejoint le dojo pour soumettre une requête à Kenshin. Ce dernier est sollicité pour éliminer un assassin hors pair, le Chapeau noir, qui s’en prend aux anciens patriotes.

Ni une ni deux, Kenshin n’attend pas pour retrouver le Chapeau noir qui a enlevé Kaoru. Néanmoins, l’ennemi sait dorénavant comment réveiller la part sombre de son adversaire.

Sanosuke et Kenshin ont filé au tripot, en ville. Ils aideront, un peu malgré eux, une jeune femme poursuivie par les hommes de main d’un certain Kanryu Takeda, un individu réputé redoutable.

Le dojo est pris d’assaut par Hyottoko, un Oniwaban qui se bat par le feu. Kenshin et Sanosuke ne tardent pas à l’affronter, pendant que Megumi souhaite profiter de la pagaille pour prendre la fuite.

La vie au dojo semble dorénavant paisible pour Megumi, bien que Sanosuke ne le voie pas d’un très bon œil. Toutefois, Kanryû et ses hommes n’ont pas encore dit leur dernier mot.

Pour rejoindre Megumi à la salle d’observation, Kenshin et ses camarades vont devoir enchaîner les ennemis les plus redoutables, à commencer par Hannya, qui n’avait pas laissé indifférent le vagabond.

Pour rejoindre Megumi, Kenshin n’a d’autre choix que d’affronter Aoshi Shinomori, le chef des Oniwaban. Si jusqu’ici, le vagabond s’en était bien sorti, ce nouvel adversaire sera d’une autre trempe.

Les Oniwaban s’allient à Kenshin et ses camarades pour faire face à Kanryû et sa mitrailleuse Gatling. Malheureusement, pour parvenir à bout d’un ennemi pareil, certains sacrifices seront nécessaires.

Ces derniers temps, Yahiko a tendance à disparaître du dojo sans prévenir. Chacun se fait sa petite idée sur le pourquoi du comment. Pourtant, Yahiko a un objectif déjà bien déterminé en tête.

Kaoru et Yahiko s’entraînent depuis quelque temps au réputé dojo Maekawa, où ils emmènent pour la première fois Kenshin. Ce même jour, un combattant redoutable souhaite en découdre avec le maître des lieux.

Le duel entre Kenshin et Raijûta ne dure pas. À peine libéré, Yutarô promet de se venger. Yahiko lui propose donc de le combattre au dojo Kamiya. Finalement, son jeune adversaire est encore novice.

La dernière technique de Raijûta a gravement touché le bras de Yutarô, qui ne pourra plus jamais tenir un sabre, lui qui était pourtant si doué. C’en est trop pour Kenshin qui part affronter pour de bon son nouvel adversaire.

Pour rendre service, Sanosuke part acheter des estampes très en vogue. L’une d’entre elles l’interpelle, car il croit reconnaître son ancien commandant du Sekihotai. Le jeune combattant retrouvera alors une vieille connaissance…

Sanosuke accompagne son ancien acolyte du Sekihotai pour attaquer le ministère de l’Intérieur. Toutefois, l’attaque sera de courte durée, puisque Kenshin viendra mettre son grain de sel.

En partageant le thé au dojo, tous demandent à Kenshin de raconter une anecdote de sa période errante de vagabond. Le sabreur s’exécute et leur narre sa rencontre avec un médecin occidental.

Afin de mettre à terre la concurrence, et notamment le docteur Elder, un épéiste occidental est recruté pour affronter Kenshin. Ce dernier, quant à lui, est surpris d’apprendre que le docteur qu’il accompagne est en réalité une femme.

Le passé de Kenshin, alors qu’il était encore Battosai le tueur, le rattrape dans ses rêves. Peut-être est-ce un signe, puisqu’un ancien du Shinsen-Gumi approche le dojo et donnera du fil à retordre à Sanosuke.

Pendant que Kenshin affronte son ennemi, qui n’était qu’un leurre, Hajime Saitô se rend de nouveau au dojo, sous couverture, pour attendre celui qu’il considère toujours comme Battosai le tueur.

L’actuel ministre de l’Intérieur, Toshimichi Ôkubo, interrompt le combat entre Kenshin et Hajime Saitô. L’homme politique, dont le rôle est important, dévoilera au vagabond ses raisons et ce qu’il espère de lui.

Kenshin est parti à Kyôto pour affronter Makoto Shihio. À Tokyo, il laisse un vide énorme derrière lui. Ses amis délaissés font de leur mieux pour pallier son absence.

Le périple de Kenshin vers Kyoto a commencé. Lorsqu'il arrive à Odawara, une étape du célèbre Tôkaidô, il croise la route d'une mystérieuse demoiselle à la recherche de l'homme qui l'a élevée.

Kenshin se résigne, bon gré, mal gré, à laisser Misao cheminer à ses côtés. Non loin de l'étape de Numazujuku, sur le Tôkaidô, Kenshin et Misao tombent sur un village à l'histoire tragique.

Hajime Saitô rejoint Kenshin et Misao au village de Shingetsu, alerté de la présence de Makoto Shishio. Le face à face tant attendu, entre les deux assassins de la fin du shogunat, va enfin avoir lieu.

Kenshin a terrassé Senkaku, mais il se trouve à présent face à Shishio... et surtout, face à son bras droit : Sôjirô Seta, le "Sabre divin". Kenshin et son sabre à lame inversée seront-ils de taille ?