Une invasion extraterrestre, inattendue et destructrice, a décimé la population terrestre. La planète est en lambeaux, toutes les infrastructures ont été détruites et seuls quelques rares humains ont survécu au cataclysme alien. Tom Mason, un professeur d'histoire dont la femme est morte pendant l'attaque extraterrestre, prend les commandes d'un groupe de résistants, le 2e régiment du Massachusetts. Parallèlement à ses activités de combattants, il doit s'occuper de ses fils. L'un d'entre eux est captif des aliens : Tom se fait fort de le retrouver et de le délivrer...

Tom et Hal, partis en mission de ravitaillement, tombent dans une embuscade tendue par un gang de maraudeurs dirigés par un certain John Pope, un mercenaire sans foi ni loi. Pope compte utiliser ses deux prisonniers pour faire main basse sur un stock d'armes, caché depuis le début de l'invasion alien...

Le docteur Michael Harris rejoint le groupe de résistance du 2e régiment du Massachusetts. Il devient un allié précieux du groupe en proposant un plan pour délivrer les adolescents prisonniers des extraterrestres. Mais Tom, qui se pose moult questions depuis l'invasion alien, n'adhère pas pleinement à la proposition de Harris. Parallèlement, les hommes du 2e régiment, en route pour sauver Ben Mason, se heurtent à des ennemis et des robots surarmés...

Tom et son équipe se préparent à partir en mission pour tenter de récupérer des motos. Par précaution, ils demandent à John Pope de se joindre à eux. Mais en cours de route, ils sont attaqués par une entité inconnue. Leur agresseur semble bien plus redoutable que les Aliens, ce qui ne manque pas de les inquiéter...

Toujours plus déterminé, Hal Mason met en place un nouveau plan, aussi risqué qu'audacieux, afin d'infiltrer un repaire de skitters. Il compte ainsi délivrer son frère Ben et de nombreux autres adolescents, kidnappés par les extraterrestres. Mais il sait qu'il s'expose et met sa vie en danger...

Terry Clayton, le chef d'un groupe de résistants, se présente au camp. Il vient avertir d'une attaque imminente des extraterrestres. Il propose de prendre soin des enfants et de les mener en lieu sûr. Tom et les autres hésitent à lui faire confiance et à accepter son aide. Mais le temps presse : une décision doit être prise avant que l'assaut alien et les combats ne débutent d'autant que la sécurité des enfants est la priorité de Tom...

Hal commence à se demander si la ferme est véritablement le havre de paix idyllique décrit par Clayton. Les enfants seraient-ils en danger ? Lorsque Mike découvre par hasard l'horrible réalité, ils se retrouvent tous deux contraints d'affronter un ennemi imprévu...

Le comportement de Weaver devient de plus en plus étrange et incontrôlable. Tom et Hal le constatent au cours d'une mission de reconnaissance qu'ils effectuent en sa compagnie. De son côté, Pope s'active à construire une nouvelle arme capable de modifier le cours des combats. Pendant ce temps, Anna autopsie le cadavre d'un Skitter : elle fait ainsi une découverte qui la laisse pantoise...

Les tensions entre Tom et Weaver menacent la cohésion du groupe. En effet, le capitaine veut absolument organiser une attaque de grande ampleur sur la structure alien qui est basée à Boston. Mais les risques sont grands et Tom cherche aussi à protéger les civils. De plus, grâce aux découvertes de Anne sur les Skitters, Tom comprend que les envahisseurs sont plus complexes qu'il n'y paraît...

Les combattants de la résistance lancent une attaque contre les aliens. Tom, lui, reste au camp, afin de protéger les civils. De leur côté, Hal, le capitaine Weaver et Scott échafaudent une initiative des plus risquées. Les motivations des aliens trouveront-elles enfin un début d'explication ?...