À la tête du prestigieux hôpital St. Bonaventure de San Jose, le docteur Glassman a recruté son protégé, Shaun Murphy, un jeune chirurgien surdoué atteint du syndrome d'Asperger. Si l'embauche du jeune autiste fait débat au sein du conseil d'administration de l'hôpital, le sauvetage d'un garçon victime d'un accident à l'aéroport va propulser le docteur Murphy sur le devant de la scène, et balayer les dernières réticences au sein du conseil.

C’est le premier jour de Shaun à l’hôpital St. Bonaventure. Il arrive en retard et, en dépit des efforts de Claire, une autre interne, pour prendre sa défense, il se fait durement recadrer par le docteur Melendez. En guise de punition, il est affecté aux tâches subalternes pour la journée : corvée de consultation aux urgences et formalités administratives...

Le docteur Melendez et le le docteur Kalu – un interne de chirurgie – découvrent que leur patient, sur le point de se faire greffer un nouveau foie, n’est pas complètement honnête avec eux. Pendant ce temps, le Claire doit apprendre à communiquer avec Shaun, tandis que leur retour à St. Bonaventure avec le foie qui doit être transplanté ne se déroule pas du tout comme prévu...

Le docteur Melendez et son équipe prennent en charge un couple qui doit prendre une décision dont les conséquences sont potentiellement catastrophiques. Pendant ce temps, le docteur Murphy rencontre toujours des difficultés à s’adapter à son nouvel environnement, mais il fait un grand pas en avant avec ses collègues.

Au service des admissions de l'hôpital St. Bonaventure, le docteur Murphy rencontre un jeune patient qui ressemble étrangement à son frère décédé, Steve. Après avoir découvert que ses parents lui avaient caché son diagnostic, Shaun n'arrive pas à comprendre pourquoi le jeune garçon ne mériterait pas d’entendre la vérité sur son état de santé. Pendant ce temps, l'équipe du docteur Melendez n'arrive pas à comprendre ce qui déclenche les réactions allergiques d'un autre patient, qui vient de perdre son épouse et qui est en froid avec son fils...

L'hôpital St. Bonaventure voit arriver aux urgences les invités d'un mariage, dont le bus a été accidenté. Parmi les victimes, le futur marié, pour lequel Shaun et Claire conçoivent une procédure expérimentale qui devrait permettre de sauver sa jambe... à condition de savoir qui, de sa future femme ou de ses parents, doit prendre la décision. De son côté, Jared a du mal à se connecter émotionnellement avec sa patiente, l'une des demoiselles d'honneur du mariage, dont les brûlures peuvent s'avérer trop graves pour être totalement guéries.

Le Dr Shaun Murphy doit faire face aux préjugés lorsqu'il aborde le cas d'un patient atteint d'autisme, et le Dr Jared Kalu doit apprendre à accepter ses limites en tant que chirurgien.

Au cours d'un vol à l'épicerie où le Dr Shaun Murphy fait ses achats, ses limites de communication mettent des vies en danger. Entre temps, après la journée traumatisante de Shaun, le Dr Aaron Glassman craint de ne pas faire assez pour aider Shaun.

Dans le cadre du programme humanitaire international de l'hôpital Saint-Bonaventure, l'équipe prend en charge le cas d'un jeune garçon du Congo atteint d'une grave anomalie cardiaque congénitale. Le Dr Neil Melendez a des doutes quant à la sécurité de la procédure, tandis que le Dr Shaun Murphy élabore le meilleur plan d'action. Pendant ce temps, la dernière rencontre de Murphy avec sa voisine, Lea, le rend confus.

Les membres de l'équipe chirurgicale de l'hôpital sont d'abord impressionnés par un charmant jeune médecin, mais son véritable caractère place l'un d'entre eux dans une position inconfortable au travail. Pendant ce temps, le Dr Glassman pense que le Dr Shaun Murphy a besoin d’un peu plus de soutien dans sa vie personnelle et suggère de rencontrer un thérapeute.

Le docteur Andrews collabore avec le docteur Melendez dans le cadre d'une opération de transplantation qui concerne deux jumeaux. Shaun Murphy part en voyage avec Lea...

L'état de santé des jumeaux se dégrade après l'opération. L'équipe médicale doit rapidement prendre une décision concernant leur traitement...

Shaun soupçonne sa patiente de mentir à propos de la raison de sa blessure tandis que la vie personnelle du Dr Melendez pourrait affecter son travail.

Shaun est surpris d’apprendre que sa jeune patiente atteinte d'un cancer s’identifie comme une fille en étant biologiquement un mâle. Il doit rapidement apprendre à comprendre sa patiente, ses besoins médicaux et comment travailler avec sa famille, qui ont tous le sentiment de savoir ce qui est le mieux pour elle.

Une patiente du Dr Shaun Murphy a été confinée chez elle toute sa vie à cause d'une maladie cardiaque rare. Malgré son état, elle possède un grand groupe d'amis en ligne et espère que l'équipe chirurgicale pourra trouver un moyen de lui donner la vie qu'elle a toujours rêvé d'avoir. Pendant ce temps, le donneur d'organes parfaitement adapté d'un jeune patient pose un dilemme moral pour les parents et le patient.

Lorsque l’équipe traite un patient qui doit décider entre une chirurgie dangereuse qui pourrait changer sa vie ou rester tel qu'il est, il demande au Dr Shaun Murphy ce qu’il ferait s’il avait le même choix.

Le Dr Shaun Murphy s'interroge sur la nécessité d'une intervention chirurgicale facultative qui permettra à son jeune patient de sourire pour la première fois. Pendant ce temps, le Dr Claire Brown et...

L’équipe de Saint-Bonaventure doit rapidement découvrir la vérité derrière les blessures inexpliquées d’un jeune étudiant avant que son état ne s’aggrave. Pendant ce temps, après avoir perdu sa posses...